Je pense avoir eu exactement le même problème. Si tel est le cas, ma solution consistait à supprimer toutes les entrées dans web.config faisant référence à ReportViewer, puis à faire de même dans References, à créer le projet, puis à rajouter un visualiseur de rapports dans la page.
web.config sera mis à jour avec de nouveaux gestionnaires et assemblys pour la nouvelle version.
