Existe-t-il une différence entre les méthodes de transaction SMO ServerConnection et l'utilisation de la propriété SqlConnectionObject ?

Les deux sont équivalents. L'utilisation d'un objet SqlTransaction vous permet de placer la transaction dans un using portée :

using(SqlTransaction  trn = conn.BeginTransaction ())
{
 ...
 trn.Commit ();
}

C'est un meilleur modèle en présence d'exceptions.