Si c'est à des fins d'archivage, je stockerais certainement le PDF car à l'avenir, votre script de génération de PDF peut changer et la lettre ne sera alors pas exactement la même que celle qui a été envoyée à l'origine. Le client s'attendra à ce qu'il soit exactement le même.
Peu importe quelle approche est supérieure, il est parfois préférable d'opter pour l'approche la plus sûre.