En général, les gens font l'une des deux choses suivantes :
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Développez dans Visual Studio, via l'explorateur de solutions. Ouvrez simplement le projet comme vous le feriez pour n'importe quel autre projet, ajoutez des tables, des index, etc. Vous obtenez même la même interface graphique pour modifier les objets de base de données que dans SSMS. Toutes les modifications seront automatiquement ajoutées aux modifications en attente de TFS (comme toute autre modification de code) et pourront être enregistrées lorsque vous serez prêt.
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Déployez la dernière base de données (à l'aide de Publish dans VS) sur n'importe quel serveur SQL, apportez vos modifications dans SSMS, puis effectuez une comparaison de schéma dans Visual Studio pour ramener vos modifications dans votre projet de base de données afin qu'elles puissent être archivées dans TFS.
J'utilise des projets DB depuis de nombreuses années et je les ADORE ! Tous les développeurs auxquels je les ai présentés refusent de développer sans eux à partir de ce moment.