Tout d'abord, enregistrez votre requête dans un fichier texte sql (fichier texte avec l'extension .sql). Assurez-vous d'ajouter l'instruction USE au début, qui indique au serveur avec quelle base de données vous souhaitez travailler. En utilisant l'exemple de MSDN :
USE AdventureWorks2008R2;
GO
SELECT p.FirstName + ' ' + p.LastName AS 'Employee Name',
a.AddressLine1, a.AddressLine2 , a.City, a.PostalCode
FROM Person.Person AS p
INNER JOIN HumanResources.Employee AS e
ON p.BusinessEntityID = e.BusinessEntityID
INNER JOIN Person.BusinessEntityAddress bea
ON bea.BusinessEntityID = e.BusinessEntityID
INNER JOIN Person.Address AS a
ON a.AddressID = bea.AddressID;
GO
Ensuite, dans votre fichier de commandes, vous exécutez SQLCMD et lui transmettez le fichier sql (avec le chemin) en tant que paramètre.
Si vous devez également vous authentifier, vous devrez ajouter les paramètres -U et -P à votre commande SQLCMD.
Voici un article MSDN traitant de l'utilitaire sqlcmd avec plus de détails.