Mon hypothèse est que le serveur est un serveur 64 bits, n'est-ce pas ? Si tel est le cas, l'agent exécutera SSIS en mode 64 bits, ce qui entraîne une incompatibilité avec les exécutables.
Dans le travail de l'agent, dans l'onglet Options d'exécution, cochez la case "Utiliser l'environnement d'exécution 32 bits" et tout devrait bien se passer.
La question est étiquetée comme 2008 mais si je me souviens bien, les tâches de l'agent SQL 2005 de type SQL Server Integration Services Package n'avaient pas d'option pour s'exécuter en mode 32 bits et par défaut, tout fonctionnait en mode 64 bits. Pour contourner cela, il fallait exécuter une commande du système d'exploitation et appeler le fichier dtexec.exe 32 bits qui se trouvait très probablement dans C:\Program Files (x86)\Microsoft SQL Server\100\DTS\Binn\DTExec.exe
