Si vous lisez l'article ici :https://dba.stackexchange.com/questions/692/sql-server-2008-cross-database-performance-on-same-physical-machine-and-server vous vous rendrez compte que vous n'aurez pas de pénalité de performance car l'optimiseur de requêtes n'en sera qu'un. La différence ne sera que si vous utilisez des requêtes inter-instances. Dans ce cas, la requête sera analysée par des analyseurs de requêtes distincts sur les deux instances.
Les problèmes éventuels pouvant survenir dans votre cas sont liés à la gestion.Lisez comment gérer la propriété de bases de données croisées ici :http://msdn.microsoft.com/en-us/library/ms188676.aspx
