Vous avez raison, System.Data n'est pas là (j'ai cherché la même chose quand j'ai commencé à jouer avec WinRT). Vous ne pourrez pas non plus vous y référer. Si vous voulez parler à une base de données SQL, vous devrez utiliser un autre type de protocole (WebService, SOAP, WCF, etc.).
Il existe des ports pour SQLite disponibles qui semblent fonctionner, ce qui vous donnera une option de base de données locale mais pas une option basée sur un serveur sans utiliser une sorte d'intermédiaire pour accéder à la base de données.
En passant, j'aurais personnellement aimé voir une application Metro de bureau qui pourrait se connecter à une base de données SQL Express par exemple, mais ce n'est pas actuellement dans les cartes sans sauter à travers les cerceaux.
