Cela peut être fait en une seule commande. Vous devez définir la propriété IDENTITY pour "numérotation automatique":
ALTER TABLE MyTable ADD mytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1) PRIMARY KEY
Plus précisément, pour définir une contrainte au niveau de la table nommée :
ALTER TABLE MyTable
ADD MytableID int NOT NULL IDENTITY (1,1),
CONSTRAINT PK_MyTable PRIMARY KEY CLUSTERED (MyTableID)
Voir ALTER TABLE et IDENTITY sur MSDN