J'utilise la fonctionnalité de comparaison de schémas et de données intégrée à la dernière version de Microsoft Visual Studio 2015 Édition communautaire (gratuite) ou édition professionnelle/premium/ultime. Fonctionne comme un charme !

https://channel9.msdn.com/Events/Visual-Studio/Launch-2013/VS108
L'outil de comparaison de données SQL de Red-Gate est ma deuxième alternative :

(source :spaanjaars.com)
- https://www.red-gate.com/products/sql-development/sql-compare/
- https://www.red-gate.com/products/sql-development/sql-data-compare/