C'est un cas d'utilisation typique pour le row_number()
fonction de fenêtre.En supposant que votre table principale est T, cette requête devrait fonctionner avec postgresql 8.4 ou plus récent :
update T set local_id=s.rn
from (select id,row_number() over(order by id) as rn from T where local_site_id=2) s
where T.id=s.id;