Utiliser gnu awk (à cause du RS)
awk '{$1=$1} NR%2==1 {printf "%s,",$0} NR%2==0' RS="[,\n]" file
XXXXXXXXXX,YYYYYYYYYY
TTTTTTTTTTT,UUUUUUUUUU
RRRRRRRRR,JJJJJJJJJ
111111111111,22222222222
333333333333,44444444
5555555,666666
EEEEEEEE,WWWWWW
QQQQQQQ,PPPPPPPP
{$1=$1} Nettoie et supprime les espaces supplémentairesNR%2==1 {printf "%s,",$0} imprime les parties impairesNR%2==0 imprime la partie paire et la nouvelle ligneRS="[,\n]" définit l'enregistrement sur , ou saut de ligne