Je l'ai finalement fait de cette façon :
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Exporter vers dump avec :
pg_dump -f dumpfile.sql --column-inserts -a -n <schema> -U <username> <dbname>
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Définir un saut unique pour toutes les tables
CREATE OR REPLACE RULE skip_unique AS ON INSERT TO <table> WHERE (EXISTS (SELECT 1 FROM <table> WHERE users.id = new.id)) DO INSTEAD NOTHING
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Importer avec
psql
\i <dumpfile.sql>