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sqlalchemy plusieurs clés étrangères vers la même table

La cause exacte du problème n'est pas tout à fait claire, car vous avez omis la partie la plus importante - le code qui lève cette exception, mais si vous ajoutez des propriétés de relation à la classe PostModel lancers qui tentent d'ajouter des foreign_keys paramètre de relation appeler comme suit :

class PostModel(...):
    # ...
    subject1_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject2_id = Column(db.Column(db.BigInteger, db.ForeignKey(EntitiesModel.id), nullable=False)
    subject1 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject1_id)
    subject2 = relationship(EntitiesModel, foreign_keys=subject2_id)