À la fin, j'ai découvert que le problème était lié au fait que les données n'étaient pas correctement écrites en SQL sur mon serveur d'origine.
J'ai fini par transférer la base de données en utilisant :
mysqldump --default-character-set=utf8 [ORYGINAL_DB] | mysql [TARGET_DB] --default-character-set=utf8
et l'exécution :
UPDATE [table name] SET [field] = CONVERT(BINARY CONVERT([field] USING latin2) USING utf8)
comme c'était des conseils ici :
J'espère que la solution ci-dessus sera également utile à d'autres.