Les outils frontaux comme phpMyAdmin se basent souvent sur un LIMIT
clause afin de paginer les résultats et de ne pas planter votre navigateur ou votre application sur de grandes tables. Une requête susceptible de renvoyer des millions d'enregistrements et, ce faisant, de prendre beaucoup de temps, s'exécutera plus rapidement si elle est plus contrainte.
Il n'est pas vraiment juste de comparer une requête limitée à une requête complète, le temps de récupération va être très différent. Vérifiez que les deux outils récupèrent tous les enregistrements.