Je sais que c'est vieux mais la recherche Google pour ce problème pointe ici. Voici donc la réponse :
Debian et Ubuntu limitent l'accès aux dossiers. Vous devez utiliser le dossier phpmyadmin pour cela.
Dans Ubuntu, c'est "/etc/phpmyadmin/" (sans les guillemets).
Donc la configuration serait :
$cfg['UploadDir'] = '/etc/phpmyadmin/';