Il s'agit d'un mécanisme interne de phpmyadmin pour gérer les relations entre les tables.
Cette fonctionnalité est en fait utile pour les tables MYISAM qui ne prennent pas en charge les clés étrangères et les contraintes.
En définissant des relations internes dans phpmyadmin, vous liez des tables qui autrement ne peut pas être lié. Ces informations sont stockées dans une table spécifique à phpmyadmin à l'intérieur de votre serveur MySQL (phpmyadmin.PMA_relation).
Cependant, il ne s'agit que d'une définition interne de phpmyadmin et n'a aucun effet sur mysql lui-même (aucune contrainte de clé étrangère ou d'intégrité référentielle n'est appliquée).
Voir ici pour plus d'informations.