J'ai découvert que j'avais le paramètre suivant dans mon fichier de configuration phpMyAdmin collé à partir de qui sait quel correctif de performances précédent j'avais apporté.
$cfg['MaxExactCount'] = 0
Cela a désactivé la correction des estimations InnoDB. J'ai commenté cette ligne, et bien sûr cela a réglé le problème