Au cas où quelqu'un d'autre serait confronté à cette erreur. C'est un problème avec pyenv. Même après
sudo apt-get install python3-gdbm
la librairie sera installée dans le système, mais pas dans le pyenv.Donc la solution décrite ici :
GDBM ne fonctionne pas avec Python 3.6 et anaconda
Les étapes seront les mêmes pour pyenv.