Peut-être un peu obsolète, mais pour le moment, Express-session peut reconnaître l'option de domaine pour les cookies. Selon la source :
function session(options){
var options = options || {}
// name - previously "options.key"
, name = options.name || options.key || 'connect.sid'
, store = options.store || new MemoryStore
, cookie = options.cookie || {}
...
Et c'est pour paramétrer le cookie :
var Cookie = module.exports = function Cookie(options) {
this.path = '/';
this.maxAge = null;
this.httpOnly = true;
if (options) merge(this, options);
...
Donc, quelque chose comme ça fonctionnera pour le maître 1.10.1 actuel :
secret: "my secret",
cookie: {
domain: "mydomain.com",