Après quelques recherches plus approfondies, j'ai obtenu une réponse à ma question moi-même. Au lieu d'utiliser des variables oid directement ou d'utiliser des chaînes, je devrais utiliser la fonction BCON_OID. La requête suivante permet de récupérer ce que je voulais :
qry = BCON_NEW("$query", "{", "name", "{", "$in", "[",
BCON_OID(oid1), BCON_OID(oid2), BCON_OID(oid3), "]", "}", "}");