"Utiliser" autant de mémoire n'est pas aussi mauvais qu'il n'y paraît ... MongoDB utilisera (au moins semblera) utiliser beaucoup de mémoire disponible, mais cela laisse au VMM du système d'exploitation le soin de lui dire de libérer la mémoire quand besoin. (voir Mise en cache dans la documentation MongoDB.)
Pour la plupart, il "utilise" cette mémoire pour le cache, ce qui accélère considérablement les choses.
Vous devriez pouvoir libérer toute la mémoire en redémarrant MongoDB.
Cependant, dans une certaine mesure, MongoDB "n'utilise" pas vraiment activement la mémoire ... lisez la suite pour beaucoup plus de détails dans cette réponse ..
Comment libérer la mise en cache utilisée par Mongodb ?