Répondre à ma propre question !
Il semblait que quelque chose de loufoque se produisait avec l'installation de MongoDB. Réinstallez-le manuellement à partir de http://docs. mongodb.org/manual/tutorial/install-mongodb-on-os-x/ puis la restauration de ma base de données sauvegardée a semblé faire l'affaire.
J'aimerais toujours savoir d'un point de vue code / technique pourquoi mon environnement a soudainement décidé de commencer à renvoyer l'ObjectID BSON 12 octets plutôt que l'ObjectID hexadécimal ... mais jusque-là, j'espère qu'une simple réinstallation manuelle aidera les autres qui rencontrent ce problème étrange !