Vous pouvez utiliser le $
opérateur positionnel pour identifier le premier élément du tableau correspondant à la requête dans la mise à jour comme ceci :
db.VariantEntries.update({
"pos": 17060409,
"sampleID": "Job1373964150558382243283",
"information.name":"Category"
},{
$set:{'information.$.value':'11'}
})