Vous n'avez pas besoin de vous échapper autant. Vous pouvez simplement utiliser des guillemets simples à l'extérieur de la requête et des guillemets doubles à l'intérieur, c'est-à-dire Mais attention à avoir le type en hexadécimal, ce qui signifie "03" et non "3"
mongodump --host localhost --db test --collection bd --query
'{"_id" : { "$binary" : "ryBRQ+Px0kGRsZofJhHgqg==", "$type" : "03" } }'