La classe générée par Mapstruct utilise le générateur Lombok du parent au lieu de l'enfant

votre code ne peut pas compiler même sans le mappeur. Lombok se plaint que le @Builder de la classe B a renvoyé un type incompatible :

comme la méthode .builder() est statique, elle ne peut pas utiliser le mécanisme d'héritage.

une autre solution consiste à utiliser @Getter sur la classe A et @Setter sur la classe B et laisser mapstruct faire le mappage pour vous.