Non, ce n'est pas possible. MongoDB est une application C++ native qui utilise des fichiers mappés en mémoire, ouvre des sockets, etc. Elle ne fonctionnera pas dans une JVM.
En outre, MongoDB a été conçu pour les applications à l'échelle du Web, le Big Data, les clusters de basculement (ensembles de réplicas) et le partitionnement automatique, dont aucun n'a vraiment de sens dans une application intégrée. De plus, il est assez agressif en termes d'utilisation de la mémoire, ce qui n'est pas souhaitable pour les applications embarquées.
--EDIT après le commentaire de zero323--
Vous voudrez peut-être jeter un œil à db4o une base de données d'objets pour Java conçue pour l'intégration.
De plus, lors de l'intégration de bases de données, les licences peuvent vous mordre et vous obliger à publier votre code sous la même licence, dans le cas de MongoDB l'AGPL.
