Le problème est une importation circulaire (fish.js nécessite user.js qui nécessite fish.js , etc.).
Vous pouvez contourner ce problème en résolvant la classe de modèle lors de l'exécution :
UserSchema.methods.fishes = function(callback) {
mongoose.model('Fish').find({user: this._id}, function(err, fishes) {
callback(err, fishes);
});
};