Mise à jour de l'élément dans le tableau avec un ID unique

Voir la docs pour mettre à jour un tableau. Votre code devrait ressembler à :

serveur

Meteor.methods({
  'content.update.lastModified': function(contentId, peerId) {
    check(contentId, String);
    check(peerId, String);

    var selector = {_id : id, 'Peers.uniquePeer': peerId};
    var modifier = {$set: {'Peers.$.lastModified': 'Now'}};
    Content.update(selector, modifier);
  }
})

client

Meteor.call('content.update.lastModified', contentId, peerId);

Notez que ce type d'opération doit avoir lieu dans une méthode définie par le serveur car, comme vous l'avez découvert, vous ne pouvez mettre à jour les documents que par identifiant sur le client.