Il s'avère que le fait de placer la base de données mongodb téléchargée dans le dossier synchronisé entre la machine hôte et la machine virtuelle a provoqué un certain type de problème d'autorisations ou de problème de configuration.
Lorsque vous le sortez du dossier synchronisé - qui contient très probablement le Vagrantfile - et que vous le placez dans un dossier qui n'est pas synchronisé/partagé, il semble fonctionner correctement. Je pensais sauver quelqu'un des 5 heures que j'ai perdues :-)