Je suis totalement nouveau dans les bases de données orientées document, et en ce moment j'essaie de développer une sorte de CMS en utilisant node.js et mongodb donc je suis confronté aux mêmes problèmes que vous.
Par essais et erreurs, j'ai trouvé cette règle empirique :je crée une collection pour chaque entité susceptible d'être un "sujet" pour mes requêtes, tout en incorporant le reste dans d'autres objets.
Par exemple, les commentaires d'une entrée de blog peuvent être intégrés, car ils sont généralement liés à l'entrée elle-même et je ne peux pas penser à une requête utile faite globalement sur tous les commentaires. D'un autre côté, les balises attachées à une publication peuvent mériter leur propre collection, car même si elles sont liées à la publication, vous voudrez peut-être raisonner globalement sur toutes les balises (par exemple, faire une liste de sujets tendance).