$lookup les opérations sont lentes car elles imitent le comportement de jointure à gauche, à partir du DOCS :
Donc s'il n'y a pas d'index dans les champs utilisés pour joining les collections Mongodb est obligé de faire un scan des collections.
Ajout d'un index pour le foreignField les attributs devraient empêcher une analyse de collection et augmenter les performances même d'une ampleur