Ok, j'ai trouvé la solution pour obtenir la chaîne base64 dans un format GUID dans le nœud, pour la convertir, cela doit être fait :
var mongo.require('mongodb');
var GUID = new mongo.Binary(new Buffer(<base65String>, 'base64'), 3);
et maintenant je peux interroger la base de données comme ceci :
collection.findOne({'_id' : GUID}, function(err, item) {
res.send(item);
});