J'ai eu le même problème avec mongo 3.0.0 et 3.1.9 avec une base de données relativement petite (12 Go).
Après avoir perdu environ 4 heures de temps dessus, j'ai trouvé une solution de contournement en utilisant caché paramètre
mongorestore --batchSize=10
dont le nombre varie selon la nature de vos données. Commencez par 1000.
