Le problème est que mongoose utilise toujours collection.ensureIndex et devrait être mis à jour par eux dans un proche avenir. Pour vous débarrasser du message, vous pouvez rétrograder en utilisant la version 5.2.8 dans votre package.json (et supprimer tous les caches, le dernier recours consiste à le désinstaller puis à l'installer avec npm install [email protected] ):
MODIF : À partir de cette modification, Mongoose est maintenant à la v5.4.13. Selon leurs documents, voici les correctifs pour les avertissements de dépréciation...
mongoose.set('useNewUrlParser', true);
mongoose.set('useFindAndModify', false);
mongoose.set('useCreateIndex', true);