La convention que j'utilise et que j'ai vue dans la plupart des projets open source (y compris Spring et al) consiste à placer tous les fichiers non Java dans un répertoire de ressources, dans un répertoire descriptif :
module-root/
src/
main/
java/
(Java sources go here)
resources/
log4j.xml
spring/ (spring xmls go here)
sql/ (sql scripts go here)
mongo/ (<-- seems like a good place for mongoDB functions)
test/
unit/
java/ (unit test java sources go here)
resources/ (unit test specific resources - usually none)
integration/
java/ (integration test java sources go here)
resources/
spring/ (usually an ITestAssembly.xml goes here)
Le fichier de construction regroupe ensuite les ressources dans un jar de ressources, qui est déployé avec tous les autres jars.
