Il n'existe actuellement aucun moyen de filtrer les documents intégrés de la manière que vous décrivez. L'utilisation de la notation par points vous permet de faire correspondre un document intégré, mais le document entier, parent et tout, sera toujours renvoyé. Il est également possible de sélectionner les champs qui seront renvoyés, mais cela n'aide pas vraiment votre cas non plus.
Nous avons un cas de « collections virtuelles », qui implémenterait la fonctionnalité souhaitée; n'hésitez pas à voter dessus :
http://jira.mongodb.org/browse/SERVER-142
En attendant, vous devriez probablement traiter les commentaires comme leur propre collection. En général, si vous devez travailler seul avec un ensemble de données donné, faites-en une collection. S'il est préférable de le concevoir dans le cadre d'un autre ensemble, il est préférable de l'intégrer.