Mongoose, extrait du sous-document

Il semble que le MongooseArray#pull la méthode ne fonctionne que si vos éléments ont _id propriétés.

Je trouve plus facile d'utiliser des appels directs pour update pour éviter ce genre de surprises :

mongoose.model('organization').update(
    {_id: user.organization},
    {$pull: {members: {user: user._id}}},
    function(err, numAffected) { ... }
);