Possible de peupler deux niveaux ?

Vous devez le faire en deux étapes; remplir d'abord survey , puis en renseignant survey.user en utilisant un appel séparé à Model.populate :

questions.findOne({_id: '0000'})
    .populate('survey')
    .exec(function(err, question) {
        questions.populate(
            question,
            { path: 'survey.user', model: 'User'},
            function(err, question) {...});
    });