Pour ce que ça vaut, ma configuration actuelle est la suivante, jusqu'à ce que je trouve (ou trouve) quelque chose de nettement mieux :
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Alors oui, des modèles, des vues, mais je sépare les routes et l'implémentation des gestionnaires réels. Découplage, injection de dépendance jusqu'au bout. Beaucoup plus testable/moquable.