Je suis nouveau sur node, mongoDB et mongoose, mais je pense que la bonne façon de procéder est la suivante :
var PackageSchema = new Schema({
id: ObjectId,
title: { type: String, required: true },
flashcards: [ {type : mongoose.Schema.ObjectId, ref : 'Flashcard'} ]
});
var FlashcardSchema = new Schema({
id: ObjectId,
type: { type: String, default: '' },
story: { type: String, default: '' },
packages: [ {type : mongoose.Schema.ObjectId, ref : 'Package'} ]
});
De cette façon, vous ne stockez que la référence de l'objet et non un objet incorporé.