Dans votre exemple, vous utilisez réellement DocumentDB avec la compatibilité MongoDB. Vous n'utilisez pas MongoDB natif (ce n'est pas non plus MongoDB natif en tant que service).
DocumentDB (même avec la compatibilité MongoDB) ne fournit pas d'oplog. Et puisque Meteor dépend de la lecture de l'oplog, vous ne pourrez pas pointer Meteor vers DocumentDB.
Dans votre cas, vous devez soit exécuter MongoDB natif par vous-même (par exemple, dans des machines virtuelles), soit tirer parti d'une solution d'hébergement MongoDB tierce qui fournit la prise en charge de MongoDB dans la même région que votre application. (ok, oui, vous pouvez exécuter votre application dans une autre région, mais vous constaterez une latence ainsi que des frais de sortie de données).