Oui, vous pouvez utiliser maxTimeMS avec l'agrégation pymongo.
c.foo.bar.aggregate([], maxTimeMS=1000)
{u'ok': 1.0, u'result': []}
Si vous voulez un curseur :
for result in c.foo.bar.aggregate([], cursor={}, maxTimeMS=1000):
... print result
La commande d'agrégation ne prenait pas en charge les curseurs avant MongoDB 2.6, elle a donc dû être ajoutée en option pour éviter de casser les applications existantes.