Le deuxième paramètre de find vous permet de sélectionner des champs . Vous pouvez donc utiliser ceci (notez que le champ _id est toujours sélectionné de toute façon) :
db.mycollection.find({}, {"user_id": 1, "total": 1});
Vous pouvez également exclure certains champs, ce serait donc équivalent :
db.mycollection.find({}, {"items": 0});
Vous pouvez exclure le champ _id en faisant :
db.mycollection.find({}, {"user_id": 1, "_id": 0});