MongoDB 3.2 (sorti en novembre 2015) propose un moteur de stockage crypté. Pas besoin d'utiliser des API tierces pour chiffrer vos données avant l'insertion ou chiffrer l'intégralité du lecteur. Vous pouvez trouver plus de détails ici. Cependant, notez qu'il n'est proposé que pour l'édition Enterprise uniquement.
Il fonctionne avec le moteur de stockage WiredTiger, qui est inclus comme alternative au moteur de stockage MMAPv1 par défaut depuis la version 3.0. Si votre base de données utilise toujours MMAPv1, lisez ce guide pour connaître les étapes de conversion d'une base de données de MMAPv1 vers WiredTiger.
Comme Fernando Paz l'a noté dans les commentaires, le stockage chiffré n'est disponible que dans l'édition MongoDB Enterprise.
