Une base de données mongo donnée est divisée en une série de fichiers BSON sur disque, avec une taille croissante jusqu'à 2 Go. BSON est son propre format, conçu spécifiquement pour MongoDB.
Ces diapositives devraient répondre à toutes vos questions :
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database