MongoDB
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Supprimer un objet d'un tableau imbriqué avec $pull et $[identifier] (mongoDB 3.6)

Essayez positional all $[] variante.

Quelque chose comme

db.runCommand({
  update: "survey",
  updates: [
    {
      q: {},
      u: {
        $pull: {
          "results.$[].items.$[].comments": { "id":  "123456" }
        }
      }
    }
  ]
})