Votre problème est que la mangouste pluralise les collections. Mongoose interroge "organisations" mais vos données sont dans mongodb en tant que "organisation". Faites-les correspondre et vous devriez être prêt à partir. Vous pouvez soit le renommer en mongodb via le shell mongo, soit en parler à mongoose. De la documentation sur la mangouste :
var schema = new Schema({ name: String }, { collection: 'actor' });
// or
schema.set('collection', 'actor');
// or
var collectionName = 'actor'
var M = mongoose.model('Actor', schema, collectionName)