Le moyen le plus simple de copier/cloner une instance de document mongoose ?

Vous devez réinitialiser d1.isNew = true; comme dans :

Model.findById(yourid).exec(
    function(err, doc) {
        doc._id = mongoose.Types.ObjectId();
        doc.isNew = true; //<--------------------IMPORTANT
        doc.save(callback);
    }
);